2007 — Single-Cell-Based Models in Biology and Medicine (Anderson, Chaplain, Rejniak)
Book info
- Title: Single-Cell-Based Models in Biology and Medicine
- Editors: Alexander R.A. Anderson, Mark A.J. Chaplain, Katarzyna A. Rejniak
- Year: 2007
- Publisher: Birkhäuser (Basel · Boston · Berlin)
- Series: Mathematics and Biosciences in Interaction
- ISBN: 978-3-7643-8101-1
- DOI: 10.1007/978-3-7643-8123-3
Reading notes
| Chapter | Title | One-line summary |
|---|---|---|
| 00 | 总论 | 13 种单细胞建模方法的全景导览。 |
| 01 | HDC 肿瘤侵袭 | Anderson 的混合离散-连续技术,从 PDE 推导个体行为概率。 |
| 02 | LGCA 发育细胞 | Deutsch 的格子气细胞自动机 + Boltzmann 稳定性分析。 |
| 03 | 2D 多尺度趋化 | Alber 严格推导 CPM → Fokker-Planck → Keller-Segel 的微观-宏观桥接。 |
| 04 | GGH 模型简史 | Glazier 等追溯从 Ising 模型到 Glazier-Graner-Hogeweg 模型的演化。 |
| 05 | CPM 生物物理 | Marée 等把 CPM 参数映射到具体可测量的生物物理量。 |
| 06 | CPM 生物医学 | 表皮干细胞、肿瘤、血管生成的 CPM 应用三大案例。 |
| 07 | GGH 扩展 | 离格扩展、ECM 力学、GPU 并行、CompuCell3D 平台。 |
| 08 | 中心基模型 | Drasdo 把细胞视为"胶体粒子"——JKR + 中心基 + 三种 Metropolis 算法。 |
| 09 | 中心基 + 连续场 | Dallon 的 PIC 方法——D. discoideum 聚集 + 伤口愈合应用。 |
| 10 | 亚细胞元模型 | Newman 用元素云构造自适应细胞形状。 |
| 11 | 血液凝固 IB | Fogelson 把浸没边界法应用于血小板聚集。 |
| 12 | 3D 椭球细胞 | Palsson 的椭球 + Kelvin-Voigt + 力平衡模型。 |
| 13 | 复杂组织 IB | Rejniak 把 IB + 源汇推广到组织发育(滋养层、克隆肿瘤、腺泡)。 |
Book-level summary
- book_summary.md — 11-section 全书概括,含术语表、跨章关联、总体评价。
Files
Chapter-00.md...Chapter-13.md— 14 章阅读笔记(每章 7 个标准 section)book_summary.md— 全书概括instruction.md— Reading 仓库的标准 SOP 副本progress.md— 本次阅读的执行日志ch_ocr/ch_*.txt— 14 个章节的 OCR 文本(Phase 8 清理后会移到.trash_*)ch_src/ch_*.txt— 14 个章节的原始 pdftotext 切分(Phase 8 清理后会移到.trash_*)